La construcción del edificio de la sede de la Escuela de Medicina, en los terrenos de la antigua quinta Segovia, frente al parque de Los Mártires, inició el 1 de abril de 1916 y culminó con su inauguración en 1936.

A pesar de que el edificio original conserva sus características exteriores originales, el levantamiento arquitectónico de su estado actual muestra que ha sufrido cambios importantes, particularmente la sustracción de la mitad de los predios y sus instalaciones debido a la construcción de la avenida Caracas y, posteriormente, las adecuaciones como batallón de reclutamiento militar, desde 1957.

La Facultad fue declarada BIC del ámbito nacional mediante Decreto 2390 del 26 de septiembre de 1984, firmado por el entonces presidente de la República de Colombia, Belisario Betancur Cuartas, y la ministra de Educación Nacional, Doris Eder de Zambrano.

La Escuela fue diseñada y construida entre 1916 y 1936 por varios arquitectos de renombre en el país: Gastón Lelarge (1916-1918); Robert Farrington (1919); Alberto Manrique Martín (1920); Pablo de la Cruz y Arturo Jaramillo (1921), y Herrera Carrizosa y Casanovas & Mannheim (1932-1936).

Corresponde a un periodo de construcciones de carácter monumental en Colombia, el periodo republicano, dentro de las que se incluye, por ejemplo, el Capitolio Nacional diseñado por Thomas Reed, construido entre 1848 y 1926. Así, la Facultad constituye uno de los hitos arquitectónicos monumentales más significativos de la antigua Bogotá.