Según lo registran las escrituras de la fundación de la Urbanización Parque de Los Mártires, en el edificio funcionó el Laboratorio de Minas del Gobierno Nacional. En 1938, el Laboratorio del Ministerio de Industrias y Trabajo pasó a ser parte de la Dirección General de Minas del mismo Ministerio. El Laboratorio y Museo fue renombrado entonces como Sección de Mineralogía y Petrografía y se encargó de la organización, conservación y análisis de minerales, fósiles y rocas.  

Por solicitud del Instituto Distrital de Patrimonio Cultural (IDPC), realizada en la sesión No. 5 del 31 de mayo de 2018 del Consejo Distrital de Patrimonio Cultural, se recomendó su declaratoria como BIC del ámbito distrital, dado que cuenta con características arquitectónicas que reflejan “los procesos de formación y transformación de entidades educativas y administrativas estatales y de las demandas materiales y espaciales que exigía su funcionamiento”.

A pesar de que La Flauta no parece haber sufrido variaciones considerables en sus aspectos formales y espaciales, su abandono y pérdida de gran parte de su cubierta han deteriorado la edificación hasta presentar inminente riesgo de colapso. Por tal razón, la Fundación Gilberto Alzate Avendaño (FUGA), con el apoyo de la Empresa de Renovación Urbana (ERU), abrieron licitación por 1.200 millones de pesos para avanzar en su recuperación a través de obras de primeros auxilios que permitan estabilizar la edificación.